A causa do problema é que o shebang do script runanki no link indica explicitamente Python 3, então ./runanki invoca o interpretador do Python 3, mas você instalou o pyaudio para o Python 2. Como resultado, o Python 3 não é capaz de encontrar pyaudio e, portanto, gera um ImportError . A solução mais fácil aqui é instalar as ligações do Python 3 para pyaudio executando:
sudo apt update && sudo apt install python3-pyaudio