Você pode usar as ACLs do NTFS para proteger os arquivos de usuários que não estão autorizados a executá-los. Os usuários que estão autorizados a executá-los, por definição, podem ler as senhas (no formulário ofuscado, se você optar por ofuscar as mesmas). O acesso para executar implica acesso à leitura. Se o script puder desfocar a senha, o usuário poderá fazê-lo.
Supondo que você esteja tentando proteger as senhas dos usuários autorizados a executar os scripts, o que você está dizendo não é possível. Você está realmente dizendo:
We have passwords that we need to give to users so they can use some software, but we don't want the user to know what the passwords are.
Por definição, o usuário tem que recuperar as senhas para usá-las. Qualquer ofuscação ou codificação das senhas que você executa é apenas uma "lombada" para um determinado usuário descobrir quais são as senhas.
Desde que o contexto de execução deste script seja o usuário que você tem para fornecer as senhas. Se você tentar ofuscar as senhas ou não, isso é da sua conta, mas você ainda está dando a elas as senhas.