Esse é o comportamento correto. Porque apenas seus aplicativos (executados no Apache) veem o IP real. Por exemplo, instale um aplicativo de exemplo, como o WordPress, e instale análises em tempo real, como o Piwik. Insira o código do Piwik no rodapé do WordPress e visite o site do WordPress (depois de sair). Agora o Piwik mostraria o IP real em vez do que é definido em RPAFproxy_ips.
BTW, o arquivo /etc/apache2/mods-enabled/rpaf.conf está sem uma diretiva importante. Deve ter RPAFheader. Por exemplo, meu arquivo de configuração é assim ...
<IfModule mod_rpaf.c>
RPAFenable On
RPAFsethostname On
RPAFproxy_ips 127.0.0.1
RPAFheader X-Forwarded-For
</IfModule>
Você também pode usar o X-Real-IP no lugar do X-Forwarded-For. Em ambos os casos, certifique-se de que o nginx esteja configurado para enviar um IP real em seu cabeçalho. Por exemplo, se você usa X-Forwarded-For, então sua configuração nginx deve conter o seguinte ...
proxy_set_header X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for;
proxy_set_header X-Forwarded-For $remote_addr;