I think its an attack, because when I run mysqltuner.pl I get
Não.
Não há nada aqui para apoiar sua hipótese. Se você não puder confirmar que esse nível de tráfego foi anormal, não terá um monitoramento adequado.
but I know I have about 500 visit per day
Para gerenciamento de capacidade, esta é uma estatística inútil. Você precisa saber quantas conexões simultâneas você tem, quanto tempo elas duram e qual a proporção delas para conteúdo estático. Você precisa começar a se perguntar por que tantas conexões estão aparecendo no banco de dados - você pode estar permitindo muitas conexões no servidor da Web.
A PRIMEIRA coisa que você precisa fazer é colocar as máquinas em funcionamento para poder responder a essas perguntas rapidamente, então você pode começar a pensar em medidas para garantir a continuidade do serviço. Para a prevenção do DOS, há muitas coisas que você faz com o iptables, usando um firewall de aplicativo ou uma ferramenta de feedback como o fail2ban é útil, mas colocar um servidor proxy reverso baseado em evento terá o maior impacto. Ajustar sua aplicação, em particular as consultas do MySQL, deve dar uma capacidade muito maior. Uma solução rápida para a capacidade é, para verificar se o seu código PHP fecha explicitamente conexões mysql - se não, então adicione um arquivo auto-precedente que chama mysql_close () via register_shutdown_function ()