Na minha experiência,
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Substitua ventiladores de fábrica ruins (CPU, GPU e fonte de alimentação) por ventiladores de qualidade. Quanto maior o ventilador, melhor - um fã maior normalmente precisa mover menos ar do que um pequeno ventilador para produzir o mesmo efeito (sim, eu sei que é simplista demais, mas lá vai você).
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Substitua as placas de vídeo por versões passivas resfriadas ou até mesmo elimine totalmente as placas de vídeo separadas. Se você não se importa com os efeitos da área de trabalho (normalmente os usuários de escritório não devem), você pode diminuir consideravelmente os níveis de ruído.
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Não há muito o que fazer com os discos rígidos (limitando-os a substituí-los por SSDs, como apontado por InSciTek Jeff no comentário abaixo.) Você pode tentar improvisar alguns passadores de borracha e passar os parafusos de montagem através deles - eu não sei o quanto isso vai ganhar você, no entanto. Por favor, não tome conselhos estúpidos como "reduzir a vibração, deixando sua unidade pendurar livremente em uma rede de elástico improvisado", como isto , caso contrário, você terá uma boa surpresa na próxima vez em que seu pé, seu bebê ou seu cachorro se chocar contra o caso.
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Use um bom caso. Eu estou usando um Antec P182 para o meu desktop. Se é possível estar apaixonado por um caso, é este aqui.
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Verifique silentpcreview.com de vez em quando. Não tome isso como um evangelho, entretanto, às vezes eles são partidários, e nem todos os contribuintes são são (veja a idéia da rede HDD acima).