É impossível determinar automaticamente quais arquivos podem ser importantes para seus usuários e quais não são. Mesmo arquivos de log grandes e antigos que não foram alterados por semanas ou meses ainda podem conter informações importantes. Use cotas de disco e permita que os usuários falem com você caso precisem de mais espaço.
Outra coisa que eu lembro do meu tempo de estudante é uma folha de papel um pouco pública (mas apenas dentro do departamento local) contendo uma lista ordenada de nomes de usuários e seus tamanhos de diretório de origem atuais. Uma versão mais amigável de um salão de vergonha. Isso faz com que seus usuários percebam sempre que usam muito mais recursos de disco do que outros. Mas eu acho que isso só é aceitável para um pequeno grupo de pessoas que se conhecem bem.