Quão curtas são as interrupções de rede?
Se não forem longos, o OpenVPN poderá ser útil. Eu o uso em vários lugares por outras razões, mas ao usá-lo em uma conexão GPRS lenta e não confiável em um trem em movimento, descobri que ele sobreviveu às quedas de conexão regulares e, se a interrupção não foi longa o suficiente para causar timeouts, os aplicativos (navegador da Web, principalmente) que transferem material sobre o link também sobreviveram.
Isso em combinação com um cliente que suporta envios parciais e retrys, como sugerido por outros, pode cobrir todas as bases para você.
Se estiver usando o rsync, certifique-se de ter as opções configuradas de tal forma que ele possa reutilizar transferências parciais, caso contrário você poderá perder muita largura de banda se a conexão cair antes do fim da sincronização de um novo arquivo grande (ou muito alterado). >