Você não diz qual carga você espera do aplicativo da Intranet. Eu estou supondo que a menos que o seu seja uma grande empresa, o aplicativo da Intranet não será tão grande. Nesse caso, o alvo principal é a capacidade de gerenciamento. Nesse caso, eu usaria duas VMs do Hyper-V. Você pode colocá-los no mesmo servidor físico para começar e, se a carga ficar muito grande, coloque cada VM em seu próprio servidor.
A vantagem de ter IIS e SQL em servidores separados é a simplicidade. Você não precisa se preocupar com as alterações feitas em um serviço que afeta o outro.
A vantagem de usar VMs em vez de servidores reais é que você pode fazer backup de VMs apenas copiando (shadow) a pasta em que estão. Isso faz com que os service packs do SQL Server muito sejam menos assustadores . Se você tiver dois servidores físicos, poderá manter cópias da mesma VM em ambos os servidores. Se perder um servidor físico, poderá exibir rapidamente a VM no outro servidor físico. Também facilita muito as atualizações de hardware.
Eu usaria o W2k8 para o IIS. Se vale a pena usar o x64 é discutível. Eu usei x64 no meu servidor IIS mais recente, mas acabei tendo que executar o IIS no modo de 32 bits porque muitos dos servidores COM necessários estão disponíveis apenas nas versões x86. Para o servidor SQL que usa o x64, isso será comprovado no futuro se você achar que precisa de > 4 GB de RAM e, para ser honesto, nunca poderá ter muita memória para um SQL Server. Eu provavelmente escolheria o SQL 2008 com base no fato de que você terá que fazê-lo, e é muito mais fácil fazê-lo agora do que atualizar mais tarde.
Ter um SQL Server em um disco virtual pode levantar algumas sobrancelhas (ou será em uma SAN?), mas o teste de nossos bancos de dados de tamanho médio sugere que o impacto no desempenho é quase imperceptível. Na verdade, quando movi recentemente um dos nossos SQL Servers para uma VM, ele ficou cerca de 50% mais rápido, simplesmente por causa do enorme aumento na velocidade do disco do novo servidor host em comparação a um dois anos de idade.
John Rennie