Há uma configuração para ele em 14.04, mas não tenho certeza sobre 16.10. O Nautilus mudou muito nos últimos anos.
Tente
gsettings get org.gnome.nautilus.window-state start-with-sidebar
a saída deve ser true
, quando a barra lateral estiver visível ou falsa, quando não estiver.
Para ocultar a barra lateral, execute o
gsettings set org.gnome.nautilus.window-state start-with-sidebar false
Escusado será dizer que agora deve ser trivial não o apresentar:
gsettings set org.gnome.nautilus.window-state start-with-sidebar true