Na máquina do CentOS, crie um arquivo em seu diretório pessoal chamado .bashrc e defina suas variáveis ambientais lá. Por exemplo, o conteúdo do arquivo pode ser:
export VARIÁVEL = foo
Veja algumas discussões sobre isso: link
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Obrigado pelo esclarecimento.
Você pode usar as opções SendEnv e AcceptEnv. Isso permitirá que variáveis ambientais no cliente sejam passadas para o servidor.
Você também precisará alterar o arquivo sshd_config do servidor para especificar quais variáveis ambientais são aceitas pelo servidor. Não tenho certeza do que você precisará fazer com o PuTTY para emitir a opção SendEnv, mas isso deve ajudá-lo.