Não encontrei documentação oficial sobre isso.
O comando apache2ctl -S
verifica os arquivos * .conf + httpd.conf habilitados para o site e mostra se a sintaxe está correta e a lista de hosts virtuais (e mais algumas informações).
Mas ele não verifica se virtualhosts estão rodando, você pode tentar parar seu Apache e lançar novamente o comando, o resultado será o mesmo.
Portanto, apache2ctl -S
result baseia-se em arquivos de configuração.