Outros explicaram bem as diferenças entre os dois tipos. Uma coisa a notar é que, embora pareça que o Hyper-V está sendo instalado dentro do Server 2008, o que está realmente acontecendo é que o Hyper-V está sendo instalado na partição raiz e o "host" do Server 2008 em que você está instalando se torna um máquina virtual em si. A razão pela qual ele pode ver as outras VMs é devido ao serviço de gerenciamento do Hyper-V, que se conecta ao Hyper-V no qual está sendo executado.
Aqui está a arquitetura do Hyper-V . Alguns itens a serem observados no diagrama dentro da partição raiz que têm acesso ao hipervisor, permitindo que a partição raiz relate o uso de disco e memória:
VID – Virtualization Infrastructure Driver – Provides partition management services, virtual processor management services, and memory management services for partitions.
VMWP – Virtual Machine Worker Process – A user mode component of the virtualization stack. The worker process provides virtual machine management services from the Windows Server 2008 instance in the parent partition to the guest operating systems in the child partitions. The Virtual Machine Management Service spawns a separate worker process for each running virtual machine.
WinHv – Windows Hypervisor Interface Library - WinHv is essentially a bridge between a partitioned operating system’s drivers and the hypervisor which allows drivers to call the hypervisor using standard Windows calling conventions