Você parece estar usando seriamente muita troca lá. Você tem uma quantidade relativamente pequena de memória alocada para cache / buffers.
Seu% wa está em 49,5%. Esse valor corresponde à CPU aguardando a conclusão da E / S.
Eu suspeito que você tenha ou esteja usando uma grande quantidade de memória. Mas talvez você também tenha algo realizando muito I/O
.
Acione o iotop e você poderá ter uma ideia melhor da situação de E / S.
P.S. Se você não estiver usando o ksplice, então certamente você está executando um kernel com vulnerabilidades conhecidas. 354 dias de tempo de atividade é muito longo.