Consegui encontrar o mais improvável culpado: o aplicativo Caprine Messenger ! Isso também pode acontecer com muitas outras aplicações feitas com a estrutura Electron (Spotify, Atom, VS Code) até o bug na biblioteca de atalhos é corrigido.
Agora sei como reproduzir consistentemente o bug depois de ler o relatório de erros no rastreador de problemas de elétrons : feche o aplicativo para que ele apenas fique na bandeja do sistema. Mas antes de chegar lá, consegui encontrar evidências conclusivas de que era Caprine que estava capturando o atalho e que matá-lo resolveu a questão. Foi assim que descobri (pode ser usado para situações semelhantes):
Uma resposta opaca a uma pergunta duplicada explicou que era possível detectar qual aplicativo estava pegando as chaves emitindo algumas teclas mágicas. No começo eu não entendi direito como configurar tudo, pensando que eu tinha que passar por todos os tipos de arcos (mexendo com a configuração do Xorg, desabilitando o vty switching, ++) para configurar uma configuração especial de keymapping, até que me dei conta de que a resposta, na verdade, também descreveu como acionar essas combinações de teclas programaticamente!
Então tudo que eu precisava fazer era abrir duas janelas de terminal. Na primeira janela do terminal eu comecei a registrar eventos no sistema Xorg:
tail -f /var/log/Xorg.0.log > out.txt
Na outra janela eu ativei eventos que emitiram as combinações de teclas para o sistema Xorg:
KEY="ctrl+r" # the combination that was "grabbed"
xdotool keydown ${KEY}; # start pressing the key combo
xdotool key XF86LogGrabInfo; # the keysym that when emitted asks X to print info on the grabber of the current keys
xdotool keyup ${KEY} # stop pressing the key combo
Fazer isso programaticamente assim foi muito mais fácil do que fazê-lo manualmente, como um polvo de dedo :-) No evento log capturado na outra janela (13'000 linhas!) os bits interessantes foram aparentes nas primeiras linhas:
[ 24264.517] detail 71 (mask 0), modifiersDetail 128 (mask 0)
[ 24264.517] device 'Virtual core keyboard' (3), modifierDevice 'Virtual core keyboard' (3)
[ 24264.517] core event mask 0x3
[ 24264.517] owner-events false, kb 1 ptr 1, confine 0x0, cursor 0x0
[ 24264.517] Printing all registered grabs of client pid 5643 /opt/Caprine/caprine --type=gpu-process --no-sandbox --supports-dual-gpus=false --gpu-driver-bug-workarounds=1,7,23,59,71 --gpu-vendor-id=0x8086 --gpu-device-id=0x5916 --gpu-driver-vendor --gpu-driver-version --gpu-driver-date --service-request-channel-token=B68A5099B5760C39675F51019B3D4F7A --v8-natives-passed-by-fd --v8-snapshot-passed-by-f
[ 24264.517] Printing all registered grabs of client pid 5643 /opt/Caprine/caprine --type=gpu-process --no-sandbox --supports-dual-gpus=false --gpu-driver-bug-workarounds=1,7,23,59,71 --gpu-vendor-id=0x8086 --gpu-device-id=0x5916 --gpu-driver-vendor --gpu-driver-version --gpu-driver-date --service-request-channel-token=B68A5099B5760C39675F51019B3D4F7A --v8-natives-passed-by-fd --v8-snapshot-passed-by-f
[ 24264.517] Printing all registered grabs of client pid 5684 /usr/lib/slack/slack --disable-gp
[ 24264.517] Printing all registered grabs of client pid 5684 /usr/lib/slack/slack --disable-gp
[ 24264.517] Printing all registered grabs of client pid 18336 xdotool key XF86LogGrabInfo
[ 24264.517] End list of registered passive grabs
[ 24308.177] (II) Printing all currently active device grabs:
[ 24308.177] Active grab 0x44800160 (core) on device 'Virtual core keyboard' (3):
[ 24308.177] client pid 5614 /opt/Caprine/caprine
[ 24308.177] at 24308139 (from passive grab) (device thawed, state 1)
[ 24308.177] core event mask 0x3
[ 24308.177] passive grab type 2, detail 0x1b, activating key 27
[ 24308.177] owner-events false, kb 1 ptr 1, confine 0, cursor 0x0
[ 24308.177] (II) End list of active device grabs
Depois de matar o Caprine, eu poderia finalmente começar a usar o Ctrl-R no terminal novamente para fazer pesquisas de histórico reverso, assim como atualizar o Chrome! xev também apresenta algo bem diferente do que eu detalhei na questão, agora sendo muito semelhante à saída de Ctrl-L:
KeyPress event, serial 39, synthetic NO, window 0x5200001,
root 0xee, subw 0x0, time 25356738, (917,877), root:(1047,981),
state 0x10, keycode 105 (keysym 0xffe4, Control_R), same_screen YES,
XLookupString gives 0 bytes:
XmbLookupString gives 0 bytes:
XFilterEvent returns: False
KeyPress event, serial 39, synthetic NO, window 0x5200001,
root 0xee, subw 0x0, time 25357181, (917,877), root:(1047,981),
state 0x14, keycode 27 (keysym 0x72, r), same_screen YES,
XLookupString gives 1 bytes: (12) ""
XmbLookupString gives 1 bytes: (12) ""
XFilterEvent returns: False
KeyRelease event, serial 39, synthetic NO, window 0x5200001,
root 0xee, subw 0x0, time 25357315, (917,877), root:(1047,981),
state 0x14, keycode 27 (keysym 0x72, r), same_screen YES,
XLookupString gives 1 bytes: (12) ""
XFilterEvent returns: False
KeyRelease event, serial 39, synthetic NO, window 0x5200001,
root 0xee, subw 0x0, time 25357710, (917,877), root:(1047,981),
state 0x14, keycode 105 (keysym 0xffe4, Control_R), same_screen YES,
XLookupString gives 0 bytes:
XFilterEvent returns: False
edit: o bug é conhecido
O problema do bug também mostra como consistentemente reproduzir isso (minimizar). Foi causada por um erro na biblioteca electron-localshortcut .
Feito um pequeno util para enviar facilmente esses atalhos programaticamente.