Eu gostaria de adicionar um eu também à resposta de Mike Arthur. Eu usei um desktop Linux desde 1997 e migrei meu diretório home pelo caminho. A maioria dos aplicativos funciona apenas.
Os únicos problemas que tive foram quando troquei de distribuição. A atualização do RedHat para o novo RedHat ou RedHat para o Fedora ou Fedora para o mais recente Fedora é geralmente muito fácil. Mas quando eu mudei de RedHat para Mandrake (agora Mandriva) e Mandrake para o Fedora, não foi uma visão bonita. Mandrake e Fedora usaram uma estrutura de diretórios personalizada do KDE que era incompatível entre si. Como consequência, na altura, apaguei a maior parte do meu diretório .kde para recriar as configurações. Mas desde então eu realmente não tive problemas.
Em qualquer caso, você pode apagar apenas o que estiver em seu diretório inicial e não desejar após uma atualização do sistema. Acho extremamente conveniente que meus dados sejam separados dos meus programas. Mesmo que você tenha que apagar todo o seu diretório pessoal a cada dois anos, como um usuário do Fedora que economizaria cerca de 2-3 ciclos de restauração-backup (atualizações do Fedora a cada 6 meses).
Você também pode configurar um diretório para uso com programas. Eu normalmente tenho / usr / local como uma partição separada. Eu instalo qualquer coisa que eu compilar a partir do zero lá. Isso não funciona tão perfeitamente quanto no caso dos dados, porque muitas vezes as distribuições não são binariamente compatíveis entre si. Mas pelo menos seus programas estão todos lá e você pode avaliá-los conforme necessário.