Eu não acho que sua descrição seja precisa. Eu poderia reproduzir o seguinte com uma nova instalação do Xubuntu 16.04.
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A alteração do volume não envolve notificações de som.
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Alterar o brilho por rolagem no ícone da bateria não mostra nenhuma notificação de indicador. No entanto, alterá-lo por meio de um teclado aciona uma notificação.
Por favor, purgar Nylas Mail
(ou os gostos) e reinstalar para verificar se as notificações ainda estão sem som. No meu caso, eles não eram.
Em resumo, você pode registrar seus problemas provavelmente como solicitações de recursos ou relatórios de bugs (não tenho certeza do que é apropriado). Alternativamente, você pode fazer uma pergunta aqui sobre como você deseja personalizar manualmente suas preferências de notificação. Seja específico sobre o que você quer.