O Windows 2003 SP1 ficou sem suporte em abril, portanto, o sistema operacional não recebe mais nenhum patch de segurança. Você precisa atualizar para o SP2 o mais rápido possível.
O SP2 também tem muitas correções aleatórias de bugs - o problema pode desaparecer.
Se o seu sistema operacional tiver um nível de patch antigo, há uma boa chance de alguns drivers - especificamente drivers de impressão - estarem desatualizados na caixa também. Como os drivers são uma grande fonte de instabilidade do sistema em geral, eu tentaria verificar se eles estão assinados e atualizados. Ter um driver de impressão desonesto explicaria por que isso afeta as caixas virtuais e físicas e parece ocorrer aleatoriamente, independentemente da carga.
Oh e FYI Citrix 4 vai EOM (Fim de Manutenção, sem mais correções de bugs) no final deste mês 09 de junho, e EOL (fim de vida, sem mais patches de segurança ou quaisquer outros patches) no final de dezembro 09. Aproveite o seu ciclo de atualização!