Existem diferentes maneiras de alterar essa opção.
Todas essas soluções estão listadas no VMware KB 2003637
.
Sobre o SSH, você pode achar útil o modo esxcli
com:
vim-cmd hostsvc/advopt/update UserVars.SuppressShellWarning long 1
A documentação completa: Aviso de cluster para o ESXi Shell e o SSH aparecem em um host ESXi 5.x