Isso está acontecendo porque você não tem um arquivo chamado /usr/local/bin/php -v . Desde que você o coloca entre aspas, a string inteira está sendo tratada como argumento.
Tente remover as aspas.
nohup /usr/local/bin/php -v
Estou tentando executar o seguinte comando no meu servidor CentOS 6.3 x64:
nohup "/usr/local/bin/php -v"
O resultado é:
nohup: ignoring input and appending output to 'nohup.out'
nohup: failed to run command '/usr/local/bin/php -v': No such file or directory
Isso funciona no CentOS 5 sem problemas. Alguma ideia do que estou fazendo errado?