Eu experimentei o mesmo problema algumas semanas atrás, e esse procedimento resolveu o problema.
Primeiro, pesquise onde está o maior uso de espaço
for i in /*; do echo $i; find $i |wc -l; done
Preste atenção quando alguns diretórios levam mais tempo para serem lidos. No meu caso foi o / var / onde demora mais tempo pesquisando.
Então, corra isso:
for i in /var/*; do echo $i; find $i |wc -l; done
Depois disso, execute o mesmo comando para / var / log / * e detecte muitos arquivos pequenos nos logs do squid3.
Depois de executar um rm -rfv /var/log/squid3/access.log* (e reiniciar o squid3) o problema foi resolvido e o% do IUSE é alterado de 100 para 13.
Atenciosamente.