Como o servidor da Web será o único que envia os e-mails, sua reputação é o que determina como o e-mail é tratado pelo destinatário. Coisas como listas negras, DNS reverso correto, SPF, chaves de domínio, etc., desempenham um papel nesta decisão. Não acho que os registros MX sejam levados em conta. Depende inteiramente do servidor de e-mail do destinatário, e você só pode seguir as práticas recomendadas para servidores de e-mail.
Em vez disso, gostaria de sugerir a retransmissão de todos esses e-mails enviados por meio de um servidor de e-mail dedicado. É muito mais fácil garantir uma boa reputação para um único servidor de e-mail, especialmente quando você tem vários servidores da Web que você não controla totalmente.
Se você tem controle sobre o software de e-mail no servidor da Web, você deve configurá-lo para retransmitir através de seu próprio servidor de e-mail. Não se esqueça de configurar seu próprio servidor de e-mail para permitir a retransmissão desses IPs do servidor da web. Se você não controla o software de e-mail, você pode configurar o comando mail () do PHP para enviar e-mails diretamente para o seu servidor de e-mail.
Você também pode usar um serviço dedicado a esses tipos de e-mails transacionais. Eles cuidarão da reputação, rejeições, listas negras, etc. para você. A entrega de e-mail é um trabalho árduo e algumas empresas se especializam nela. Eles fornecem várias opções, como uma retransmissão SMTP ou uma API para enviar diretamente do PHP com rastreamento avançado de entrega, suporte a cancelamento de assinatura, etc.
sendgrid.com é o que usamos, mas outros populares são postmarkapp.com ou authsmtp.com . A Rackspace fornece uma conta SendGrid gratuita de até 40k e-mails por mês. A Amazon tem seu serviço de e-mail simples com um nível gratuito para seus clientes de hospedagem. Pergunte ao seu provedor de hospedagem se eles oferecem o smtp relay, ou se eles têm uma oferta especial com uma dessas empresas.