O pacote phpmyadmin não tem uma dependência do apache, mas está na linha 'Recommends:'. Portanto, a principal resposta é não honrar estes Recomendados ao instalar o phpmyadmin:
sudo apt-get --no-install-recommends install phpmyadmin
E a sua pergunta a parte: por repetibilidade, eu sempre uso pacotes. Pacotes fornecidos pelo fornecedor sempre que possível (CentOS no nosso caso), mas se eu tiver que consertar as coisas, ou se o software não estiver empacotado, eu vou criar meus próprios pacotes (nós temos ~ 1500 pacotes customizados, principalmente módulos CPAN).