A Política de Grupo e sua aplicação é um assunto complicado. Minha sugestão antes de supor que a Diretiva de Grupo é a causa dos tempos lentos de inicialização / logon seria verificar se sua infraestrutura está configurada e funcionando corretamente antes de mergulhar para fazer alterações na Diretiva de Grupo. Você provavelmente está no caminho certo, mas nunca faz suposições sobre a causa do problema até ter as provas para provar isso.
O DNS está funcionando corretamente? Os computadores clientes estão configurados corretamente em relação às suas configurações de DNS?
Os controladores de domínio estão localizados corretamente? Você tem mais de um site do AD e, em caso afirmativo, as sub-redes apropriadas estão configuradas no ADS & S? Os controladores de domínio estão no site correto?
Você executou gpresults contra um computador / usuário para verificar o escopo de gerenciamento dos GPOs que estão sendo aplicados?
Eu habilitaria o log de depuração do ambiente do usuário em um dos computadores clientes e verificaria o log. No mínimo, isso mostrará quando o processamento GP começou e terminou para esse computador / usuário.
Aqui estão dois artigos que podem ajudar: