O Suporte Microsoft Pro geralmente solicita que você instale o Netmon em um servidor de produção para ajudar a rastrear problemas. Se a própria MSFT deseja que você use um utilitário de captura de pacotes (neste caso, o Netmon) em um servidor de produção, então isso é uma boa indicação de que está tudo bem. (Eu suponho que há pelo menos algumas falácias lógicas nessa declaração, mas soou bem para mim. =)) No meu conhecimento, não há nada de desestabilizador em colocar um utilitário de captura de pacotes em um servidor de produção.
Pessoalmente, eu usaria o Netmon em um servidor Windows sobre o Wireshark. A primeira razão é porque na minha experiência, o Pro Support não suportará as capturas do Wireshark. A segunda razão é porque ... bem ... eu gosto mais de Netmon, mas isso é subjetivo. =)