é impossível dar uma boa resposta sem saber o tipo de carga de trabalho, quantidade de dados e padrões de uso que você tem. Sinceramente, mesmo com algum conhecimento daqueles que, no final, você terá que descobrir por si mesmo o que funciona melhor. isso significa muito benchmarking, rastreando o que acontece dentro , verificando regularmente o slow logs de consulta , etc.
As configurações padrão do mysql não são realmente ideais para o hardware moderno, como um ponto de partida razoável você pode usar os valores propostos pelo assistente de configuração mysql do percona ou mysqltuner.pl .
provavelmente, o inodb como mecanismo de armazenamento será mais ideal no seu caso. apenas 4 GB de memória é muito pouco [mas, novamente, não sei qual é o tamanho total do seu conjunto de dados]. 2x Xeon X3440 é muito em termos de poder de CPU, é melhor você ter um monte de tráfego simultâneo e ser capaz de caber todos os dados na memória, caso contrário você não fará muito uso dos processadores disponíveis apenas esperando os discos ler / escrever os dados.
nota lateral: dados em raid0? Espero que você tenha um servidor hot spare com replicação em tempo real ou que os dados não sejam importantes.