Se houver arquivos no diretório C: \ mydir, será necessário fazer as duas linhas. Caso contrário, a primeira linha fará o que você deseja:
FOR /D %i IN (C:\mydir\*) DO RD /S /Q "%i"
DEL /Q C:\mydir\*.*
Isso preserva o diretório C: \ mydir.
Edit: David1235 está certo. Se você quiser fazer isso em um arquivo de lote, você precisará duplicar o "%" na linha "FOR ...".
É um pouco incerto para mim por que o script de David1235 precisa do "pushd" e "popd" quando você pode especificar o caminho certo nas linhas "FOR ..." e "DEL ...".