Para que o rsync mantenha todos os atributos de propriedade / permissões do arquivo, ele precisa estar rodando como root no final que está sendo gravado. Se você é apenas raiz em uma extremidade, isso precisa ser o fim da escrita, então você precisaria fazer
rsync -v -u -a -p -t -rsh=ssh --stats --progress user@oldserver:source/ /dest/
enquanto estiver logado como root no novo servidor.
A opção --fake-super
pode ser útil ao enviar arquivos para um local de backup em que você não tem acesso root (e ao recuperar os arquivos posteriormente), mas isso não será aplicável aqui sem rsyncing para um local intermediário em qualquer servidor com essa opção, em seguida, rsyncing para o destino final com ele também).
As outras opções, como já mencionado, é dar ao seu usuário, no final da escrita, acesso sem senha ao rsync como root em sua configuração do sudo.