A coisa "não funciona como eles foram projetados" é um aviso genérico que ocorre quando você arrasta e solta no ADU & C, não tem nada a ver com o WSUS. Você pode evitá-lo clicando com o botão direito do mouse e selecionando "Mover". Eu nunca vi nenhum impacto negativo disso de qualquer forma.
Como outros já disseram, apenas procurar as políticas do WSUS e lidar com elas da maneira que preferir é o caminho a seguir. Se eu fosse você, eu criaria uma nova caixa do WSUS e apontaria para ela.