Parece que um pouco de informação de Infra-estrutura de Chave Pública (PKI) é necessária aqui.
Quando você cria um certificado auto-assinado, ele apenas diz "Eu sou um certificado válido, ninguém confia em mim".
Quando você obtém um certificado assinado, digamos, por GoDaddy, o certificado diz "Sou um certificado válido, o GoDaddy confia em mim". O signatário aqui é chamado de Autoridade de Certificação (CA)
Seu navegador tem uma lista de certificados que diz "Confio que essas CAs assinem certificados", e uma delas é a GoDaddy. Então, se eu confio no GoDaddy, e o GoDaddy confia em você, então confio em você. No entanto, como navegador, não confio em ninguém, apenas nessa lista de CAs.
No entanto, essa lista pode ser modificada. Se você configurar sua própria autoridade de certificação (você confia nela) e usar essa autoridade de certificação para assinar um certificado, o certificado diz "Eu sou um certificado válido, o MyCA confia em mim". Então você pode adicionar sua CA ao navegador, por isso diz "Eu confio em MyCA, MyCA atesta esse site, então está tudo legal agora."