Primeiramente, posso endossar a resposta de Dan; uma pesquisa adequada sobre o assunto é muito melhor do que fazer perguntas, cada uma delas brilhando apenas uma luz individual na escuridão. Eu recomendaria O TCP / IP Ilustrado de Steven , que é a bíblia sobre redes; minha cópia do vol. 1 está praticamente quebrado na espinha devido ao uso excessivo. Mas desde que você fez a pergunta, e eu digitei metade de uma resposta quando Dan apareceu, deixe-me pressionar "Postar de qualquer jeito", com o meu antigo cartão de administração.
Em parte, é histórico. Os endereços MAC são da camada 2, enquanto os endereços IP são da camada 3 (veja, por exemplo, esta página da Wikipedia para mais detalhes sobre as camadas.
Por que essa separação? Bem, quando a ethernet foi inventada, o IP não era a única tecnologia de rede que poderia ser transportada em uma rede ethernet. Eu mesmo, em meados dos anos 80, fiz uso extensivo do DECnet rodando em ethernet, e isso não tinha endereços IP. Além disso, é perfeitamente possível executar IP em tecnologias de rede não-Ethernet que não possuam endereços MAC; redes token-ring vêm à mente, assim como o SLIP).
Se ethernet e IP tivessem sido soldados juntos, como você sugere, nenhuma das coisas acima teria sido possível. Sim, é claro, em retrospectiva, que o IP foi a Grande Vitória na interconexão de redes, mas isso não foi tão claro em 1981, e o desacoplamento das duas camadas foi definitivamente a Coisa Certa na época.