O JKS tem certificados no DER e para o Apache você quer ter o formato PEM (AKA X509).
Exemplo de como fazer isso:
$JAVA_HOME/bin/keytool --list -keystore <mykeystore>
$JAVA_HOME/bin/keytool -export -rfc -alias <alias_name> -file <cert.crt> -keystore <mykeystore>
Então, você desejará exportar a chave privada e depois os certificados.
A chave privada exportada localizada entra na diretiva SSLCertificateKeyFile no httpd.conf e você pode colocar os certificados encadeados na diretiva SSLCertificateChainFile. Isso é uma adição à diretiva SSLCertificateFile.
Veja o link