Eu tive exatamente o mesmo problema desde a atualização para 15.10, e a recarga automática foi fundamental para o meu fluxo de trabalho. O outro visualizador de imagens Eye of Mate (eom) parece ser um clone de eog, com o mesmo problema. Muitos outros relatórios de bugs semelhantes na rede também.
Acabei usando o visualizador de imagens geeqie , que faz recarregar imagens automaticamente nas alterações do sistema de arquivos.