Se você executar o comando:
exo-preferred-applications
você receberá uma caixa de diálogo que permitirá configurar seu aplicativo Terminal preferencial como padrão.
Abaixo está uma captura de tela ilustrando a caixa de diálogo com meu próprio emulador preferido:
Para manipular os atalhos de teclado do Emulador de terminal agora preferido, abra as configurações do teclado:
Applications --> Settings --> Keyboard --> Application Shortcuts
e modifique o atalho existente ou crie um novo que use este comando:
exo-open --launch TerminalEmulator
Você será solicitado a digitar sua combinação de teclas preferida.
Abaixo estão as minhas próprias configurações com a configuração de teclado apropriada de Ctrl + Alt + T no lugar do Emulador de Terminal padrão: