Existe o pacote yum-plugin-priorities
.
Isso permite que você dê prioridade aos repositórios configurados.
Veja aqui: link
Ou você pode excluir pacotes em /etc/yum.conf
.
link :
exclude List of packages to exclude from updates or installs. This should be a space separated list. Shell globs using wildcards (eg. * and ?) are allowed.
Isso pode ser definido globalmente ou por repositório.