Não, você não precisa. Imagex.exe
cria um arquivo WIM que é uma imagem de disco baseada em arquivo. Não é um clone de disco, por isso não levará em conta a maneira como o espaço em disco é usado ou onde está o espaço livre.
O mesmo vale para aplicar a imagem a uma máquina - duvido que você precise desfragmentar.
Por outro lado, a desfragmentação é definitivamente recomendada ao capturar imagens em nível de bloco usando o Ghost ou o SCVMM P2V.