Innodb é o mecanismo de armazenamento padrão e é carregado por padrão. Eu consideraria isso uma falha no MySQL Workbench. Você pode ler mais sobre a opção --innodb (e --skip-innodb) aqui:
Observe que, se você desativar o innodb, o MySQL não será iniciado, a menos que você especifique um mecanismo de armazenamento padrão diferente.