Parece que a saída padrão foi alterada e o hash da impressão digital padrão foi atualizado para SHA256.
Para obter uma saída no formato MD5, use a opção -E
:
$ ssh-keygen -l -E md5 -f /etc/ssh/ssh_host_rsa_key
2048 MD5:c5:28:29:b9:44:d7:b1:4c:72:6f:3f:d2:fd:69:11:49 no comment (RSA)