Sim, a desativação temporária de pacotes cumulativos de atualizações é a maneira de fazer isso.
Você não estará realmente perdendo nada - ele ainda fará o download dos metadados dos pacotes cumulativos de atualizações, mas não os aprovará automaticamente. Depois que os metadados do IE9 tiverem sido baixados para o servidor do WSUS, você poderá voltar a ativar a aprovação automática de atualizações se desejar (pessoalmente, a única coisa que eu aprovo automaticamente é a atualização de definições).
Ele não bloqueará o Internet Explorer 9, mas o que você poderá fazer é aprová-lo para um subconjunto de usuários (um grupo de teste, por exemplo) ou deixá-lo sem aprovação por enquanto, até que você decida implantá-lo.