Então você quer ter
- todos os seus crontabs em um só lugar na raiz
- executa algum código python a cada 5 minutos
- execute o script com o usuário www-data
Como o su não está disponível para www-data, como discutido nos comentários, é possível usar o sudo, se estiver disponível no sistema. Na página man ele diz
sudo, sudoedit - executa um comando como outro usuário
No seu caso, isso significa que você usa
sudo crontab -e
para editar seu crontab como usuário root. Dentro do crontab, prefixar o comando sudo -u www-data python
para executar python
user do usuário www-data
.
*/5 * * * * sudo -u www-data python /my/python/log/script.py