Você deve dar uma olhada em alguns sistemas de Gerenciamento de Configuração. Sugiro usar o Puppet ou o CFengine
O que isso permite fazer é definir um estado do sistema em um nó mestre e depois propagar esse estado para outro. Por exemplo, você pode definir que cada nó deve ter o pacote X, Y e Z, com uma determinada estrutura de diretório e arquivos / usuários / configuração específicos. Em seguida, o mestre reforçará continuamente esse estado em todos os seus nós. Isso requer algum tempo para configurar e configurar corretamente, mas pode fazer maravilhas. Existe uma ferramenta chamada Blueprint que permitirá mapear um sistema em execução e exportá-lo para uma receita de fantoche (ou seu próprio sistema interno coisa).
Você também pode clonar os HDs em outro HD usando o Norton Ghost ou o Clonezilla, mas, como MadHatter mencionou, você pode ter problemas.