Eu acredito que o que você está procurando (em um servidor Windows de qualquer maneira) é DFS (Distributed File System).
Leia sobre isso no link
Para brincar com uma configuração muito básica (eu fiz no Windows 2003 SBS):
- Iniciar > Executar > "mmc"
- clique em Arquivo > Adicionar / Remover Snap In ...
- Clique no botão Adicionar na caixa de diálogo que é aberta e adicione o item "Sistema de arquivos distribuídos".
- Clique em OK para adicioná-lo ao console.
- Clique com o botão direito do mouse em "Sistema de arquivos distribuídos" e escolha "Nova raiz" para começar.
Basicamente, você criará um caminho UNC "Raiz" que compartilha uma pasta específica e, uma vez feito isso, você pode clicar com o botão direito na raiz que acabou de criar e clicar em "Novo Link" para adicionar mais pastas de vários locais / unidades.