Isso é algo que você pode conseguir facilmente com hashtables em Select-Object
:
ForEach ($d in $domains){
Get-ADUser -Filter * -ResultSetSize $null -Server $d -Properties name, samaccountname |
Select-Object name, samaccountname, @{ Name = 'domain'; Expression = { $d }} | out-file c:\users\mdmarra\desktop\users.txt -append
}