O que você descobriu parece ser um bug relacionado a alguns aplicativos lançados a partir de (unity) * - settings-daemon. O bug é reportado aqui.
No entanto, existem várias soluções fáceis para esse problema irritante;
O que vou sugerir é definir o seu próprio atalho de teclado e reatribuir o botão da calculadora.
Outra solução é:
Use por exemplo. CompizConfig Setting Manager
e defina a opção Focus Prevention Level
como desativada. A opção é encontrada em General Options
na guia chamada Focus & Raise Behaviour
.