Quando o Windows Server 2008 foi lançado, originalmente, a funcionalidade de FTP no IIS não foi reescrita do serviço FTP do Windows 2003 IIS 6.0, e as ferramentas de gerenciamento e metabase do IIS 6.0 eram necessárias para a funcionalidade de FTP.
Microsoft enviado FTP 7.0 e 7.5 mais tarde como instalações de complemento para o Windows Server 2008 e 2008 R2.
Parece que você ainda tem o serviço FTP padrão do IIS 6.0 instalado, junto com o novo serviço FTP do IIS 7.0. Eu não estava ciente de que você poderia ter ambos instalados ao mesmo tempo, mas esse é o meu melhor palpite.