O Apache HTTPD não é um servidor de aplicativos Java. Se você quiser executar um aplicativo Java, precisará do Tomcat ou de outro servidor de aplicativos, como o JBoss ou o GlassFish.
Outra coisa interessante é que há um módulo para o Apache chamado "mod_jk" que permite criar uma ponte entre o Tomcat e o HTTPD, definindo os trabalhadores. Você pode manter sua instalação do Tomcat em execução em uma porta diferente e ainda acessá-la por meio do servidor da Web principal.