Eu sei que o Linux Mint (um derivativo do Ubuntu) tem um modo OEM que permite que você salve um conjunto de pacotes e qualquer outra personalização para usar em várias instalações. O Ubuntu provavelmente tem algo parecido.
Depois de colocar as caixas on-line com um usuário administrativo, você poderá fazer toda a sua administração remotamente com um pequeno script. Para alguns conjuntos de sistemas eu tenho um script de configuração que testa uma "instalação padrão" e sistematicamente configura tudo do jeito que eu quero modificado, removendo alguns pacotes, instalando outros, configurando permissões, sincronizando arquivos de usuários, etc.
Alguns ambientes de área de trabalho, como o Gnome, também têm seu próprio sistema de implantação de configuração, no qual você pode controlar permissões e coisas como o conteúdo de menus em uma implantação em massa. Você encontrará o mundo um pouco mais fragmentado que o MDT, mas tudo pode ser feito.