Você deu acesso a user2 à subpasta específica: /home/tools/domains/domain.tools.com/public_html/storage/users
Suponho que o motivo pelo qual você não conseguiu acessar a pasta por user2 é que user2 não pode acessar algumas pastas no nível superior da hierarquia de pastas.
Uma maneira possível de resolvê-lo, pode ser adicionada a permissão x (alterar diretório) a todos os diretórios acima dessa pasta para todos os usuários.
Como usuário tools (ou como root usando sudo ), você pode conceder a permissão x em todo o diretório (por exemplo,):
chmod +x /home/tools
chmod +x /home/tools/domains
chmod +x /home/tools/domains/domain.tools.com
chmod +x /home/tools/domains/domain.tools.com/public_html
chmod +x /home/tools/domains/domain.tools.com/public_html/storage
chmod +x /home/tools/domains/domain.tools.com/public_html/storage/users