(copiado de um artigo que acabei de colocar no Stack Overflow)
O pessoal do MSSQLTips tem alguns artigos muito úteis, o mais relevante para isso é " Automatizando o SQL Server 2005 Express Backups e exclusão de arquivos de backup antigos "
A abordagem básica é configurar duas tarefas usando o Agendador de Tarefas do Windows. Uma tarefa executa um script TSQL que gera arquivos de backup separados para todos os bancos de dados MSSQL (exceto TEMPDB) com o nome do banco de dados e um carimbo de data / hora no nome do arquivo em um diretório especificado. A segunda tarefa executa um script VBScript que passa por esse diretório e exclui todos os arquivos com uma extensão .BAK com mais de três dias.
Ambos os scripts requerem edição menor para o seu ambiente (caminhos, por quanto tempo manter esses dumps de banco de dados), mas estão muito próximos de drop-in-and-run.
Observe que há possíveis implicações de segurança se você estiver desleixado com essas ou com as permissões de diretório, pois elas são arquivos de texto simples que precisam ser executados com algum nível de privilégio. Não seja desleixado.
Eu não sei sobre os requisitos para configurações do tipo mestre / escravo com MSSQL, mas ele suporta replicação e há documentação por aí. Espero que a mesma documentação indique se é possível fazê-lo com o MSDE / Express, bem como com o produto completo.
Resposta original, revisada para baixo aqui porque minha compreensão de leitura era ruim e eu li o MSSQL como MySQL:
Para backups de banco de dados, veja a documentação do MySQL. Entre outras opções, mysqldump ou (possivelmente) mysqlhotcopy permitem que você descarregue o conteúdo do banco de dados para backup, mesmo quando ele estiver em uso. Da minha leitura da documentação, você geralmente não teria interrupções perceptíveis.
Uma desvantagem dessa abordagem é que ela fornece um novo arquivo de despejo a cada vez, portanto, o rsync pode não ajudar a reduzir o tráfego de rede.
Outra opção seria executar servidores Master e Slave MySQL - eu não fiz isso ainda (apenas um cliente fazendo qualquer coisa com o MySQL), mas há muita documentação disponível, incluindo Como fazer backup de bancos de dados MySQL sem interromper o MySQL no HowToForge