Qualquer syslog-daemon recente (como syslog-ng ou rsyslog) suporta a funcionalidade de filtro. Basta editar seu rsyslog.conf ou syslog-ng-conf para ignorar entradas para o nome do processo /USR/SBIN/CRON que contém a string CMD .
Melhor ainda: basta registrar essas mensagens em outro arquivo (por exemplo, cron-detail.log ).
Links de documentação: