Em geral, você precisa garantir que qualquer estado de seu interesse esteja armazenado no volume secundário do EBS.
Eu diria, no entanto, que você está fazendo errado se você estiver instalando manualmente tudo isso em uma instância pontual. Ao fazer isso, você está se preparando para o fracasso, e para uma quantidade absurda de tarefas repetitivas e chatas acontecerem em seu caminho para esse estado de falha.
Em vez de fazer o que você está fazendo, inicie uma instância sob demanda e configure-a como quiser com relação a instalações de software, credenciais, serviços, etc. Em seguida, faça uma AMI dela. Com essa imagem, você pode criar instâncias spot que estão 100% prontas para serem inicializadas.
Com relação à retenção de outro estado, você precisará retrabalhar seu fluxo de trabalho para manter o estado no S3 ou montar um volume não excluído do EBS em um determinado local no sistema de arquivos e garantir que todo o seu estado é armazenado nesse sistema de arquivos para que possa ser anexado e montado novamente em uma instância spot futura.